Die Gemeinde Seggauberg hat naturräumlich eine ganz besondere Lage im Schnittpunkt und Übergangsbereich verschiedener Landschaften (siehe Karte).
Ein Großteil der Fläche liegt im Riedelland der Windischen Bühel. Flache Hügel, sanfte Kämme und dazwischen Täler mit muldenförmigen Querschnitten formen ein liebliches Landschaftsbild. Nur im Oberlauf der Täler, die hier Gräben genannt werden, gibt es auch engere Abschnitte („Tobel“) und steilere Hangpartien. Der Untergrund besteht hier meist aus „weichen“ Gesteinen wie Sand und Ton, auf denen sich oft schwere Böden bilden. Dennoch handelt es sich insgesamt um ein Gebiet, das sowohl für die Besiedelung als auch für die landwirtschaftliche Nutzung seit alters her gut geeignet ist. Dies bezeugt die Lage des Dorfkernes von Frauenberg.
Im Norden und Nordosten hat das Gemeindegebiet Anteil am Talboden der Sulm. Der auf der Koralpe im Steirischen Randgebirge entspringende Fluss brachte besonders während der Eiszeiten große Mengen an Geröll (Schotter, Kies und Sand) mit und lagerte es in seinem Unterlauf ab, wo das Gefälle gering ist. Nördlich von Schloss Seggau erreicht die Sulm das Leibnitzer Feld, das zur selben Zeit von der Mur aufgeschüttet wurde. Da die Mur ein viel größeres Einzugsgebiet besitzt, führte sie mehr Geröll mit und drängte die Sulm nach Süden – deshalb mündet sie nicht schon bei Leibnitz, sondern erst bei Retznei in die Mur. Die Talböden wurden in der Zeit vor der Regulierung der Flüsse (seit dem 19. Jahrhundert) oft überschwemmt und daher von Siedlungen gemieden. Höhere Geländeteile (Terrassen) hingegen weisen fruchtbare Böden und gute Eignung für die Landwirtschaft auf.
Die Sulm weicht in einer auffallenden, nach Norden ausholenden Schleife dem Burgberg von Seggau aus. Seine Abhänge sind sowohl im Südwesten als auch im Osten des Schlosses Seggau steiler als sonst irgendwo in der Gemeinde. Dies hat seine Ursache einerseits darin, dass die Erosion der Sulm die Hänge an diesen Stellen von unten her „anknabberte“ und so steiler machte. Andererseits hat nur fester Fels die Standfestigkeit für solche Hangneigungen. Und tatsächlich besteht der Sporn des Burgberges aus Schiefergesteinen des nahen Sausal, wie sie auch auf der anderen Seite der Sulm bei Silberberg auftreten und die markante Erhebung des Kreuzkogels (496 m) aufbauen. Sowohl die aus dem erdgeschichtlichen Werdegang vererbte Form als auch die Steilheit machten den Berg im Mittelalter zu einem idealen Standort einer Festung.
Die Gemeinde Seggauberg hat innerhalb der Steiermark eine klimatisch sehr begünstigte Lage. Dabei ist jedoch zwischen den Talböden und den Hügelrücken zu unterscheiden: Die Täler sind im Winter benachteiligt, weil sich in ihnen die hangabwärts fließende Kaltluft sammelt und häufig Nebel ausbildet – aus diesem Grund fehlt auch der kälteempfindliche Weinbau in den Tälern! Die Hügel sind hingegen ganzjährig begünstigt, weil sie im Winter oft über dem Talnebel liegen und im Sommer windreicher als die Täler sind – an heißen Sommertagen, wie sie für die Region sehr typisch sind, wird dadurch das Hitze- und Schwüleempfinden reduziert! Trotz der geringen Höhenunterschiede (tiefster Punkt der Gemeinde ca. 265 m, höchster ca. 400 m) ergibt sich somit eine deutliche Differenzierung des Klimas. Im Niveau von 350 m Seehöhe sind folgende Mitteltemperaturen zu erwarten: Rund -1°C im Jänner, 19°C im Juli und 9,5°C im Jahr. Der mittlere Jahresniederschlag ist bei etwa 950 Liter/m2 anzusetzen.